Genel Bakış
Bu proje, MCF7 meme kanseri hücre hattında estradiol (östrojen) uygulamasının gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemiştir.
Amaç, diferansiyel olarak eksprese edilen genlerde (DEG) gerçekleşen değişimleri biyolojik süreçler ve hücresel yollar açısından yorumlayarak, hormonun hücresel düzeyde nasıl etki ettiğini anlamaktır.
Amaçlar
- Estradiol ile muamele edilmiş MCF7 hücrelerinden elde edilen farklı ekspresyon gösteren genler üzerinde fonksiyonel zenginleştirme analizi yapmak.
- Gen Ontolojisi (GO) biyolojik süreçleri ve moleküler fonksiyonları açısından anlamlı zenginleşmeleri belirlemek.
- Östrojen reseptör sinyalleşmesi ve hücre proliferasyonu ile ilişkili olası biyolojik etkileri tartışmak.
Yöntem
Veri Hazırlığı:
DEG listesi, kontrol ve estradiol uygulanmış MCF7 hücrelerinin karşılaştırıldığı açık erişimli transkriptomik veri kümelerinden alınmıştır.Fonksiyonel Zenginleştirme:
- g:Profiler aracı kullanılarak genler biyolojik süreçler ve GO terimleriyle eşleştirilmiştir.
- En zenginleşmiş kategoriler Biyolojik Süreç (BP) ve Moleküler Fonksiyon (MF) alanlarında incelenmiştir.
- İstatistiksel güvenilirlik sağlamak için Benjamini–Hochberg FDR düzeltmesi uygulanmıştır.
Biyolojik Yorumlama:
- En zenginleşmiş süreçler arasında hücre döngüsü düzenlenmesi, DNA replikasyonu ve hormona yanıt süreçleri yer almıştır.
- Sonuçlar, estradiolün östrojen reseptörü aracılığıyla proliferatif ve metabolik yolları aktive ettiğini göstermiştir.
Kullanılan Araçlar ve Teknolojiler
- Dil: Python
- Araçlar: g:Profiler, Ensembl BioMart, GEO Veritabanı
- Analiz Teknikleri: Gen Ontolojisi (GO) Zenginleştirme, Çoklu Test Düzeltmesi, Yolak Yorumlama
Değerlendirme
Bu proje, hesaplamalı analiz ile moleküler biyoloji arasındaki ilişkiyi daha derin anlamamı sağladı.
Ayrıca, yüksek boyutlu gen ekspresyon verilerinden biyolojik anlam çıkarma konusundaki yetkinliğimi güçlendirdi ve yaşam bilimleri alanında yorumlanabilir yapay zekâ yaklaşımlarına olan ilgimi artırdı.