Genel Bakış
Bu proje, SARS-CoV-2 virüsünün genomik ve proteomik yapısının karşılaştırmalı analizi üzerine odaklanmıştır.
Amaç, farklı coğrafi bölgelerden alınan SARS-CoV-2 örneklerinde korunmuş gen bölgelerini ve Spike proteini üzerindeki işlevsel mutasyonları belirleyerek, bu değişimlerin viral bulaşıcılık üzerindeki potansiyel etkilerini incelemektir.
Amaçlar
- Farklı ülkelerden elde edilen SARS-CoV-2 genom ve protein dizilerini karşılaştırmak.
- Yerel ve küresel sekans hizalamaları gerçekleştirerek korunmuş ve değişken bölgeleri belirlemek.
- Spike (S) proteini mutasyonlarını analiz ederek, bu değişimlerin yapısal ve işlevsel etkilerini değerlendirmek.
Yöntem
Veri Toplama:
- Genomik FASTA dosyaları ve protein anotasyonları NCBI ve UniProt veritabanlarından elde edilmiştir.
- Farklı ülkelerden seçilen birden fazla SARS-CoV-2 izolatı kullanılarak genetik çeşitlilik değerlendirilmiştir.
Sekans Hizalama:
- BLAST, EMBOSS Needle ve Clustal Omega araçları kullanılarak ikili (pairwise) ve çoklu (multiple) sekans hizalamaları yapılmıştır.
- Spike proteininin reseptör bağlanma bölgesi (RBD) üzerinde mutasyon bölgeleri ve korunmuş motifler belirlenmiştir.
Fonksiyonel Analiz:
- Tespit edilen amino asit değişimleri, literatürdeki yapısal ve işlevsel etkilerle karşılaştırılmıştır.
- Bu mutasyonların virüsün ACE2 reseptörüne bağlanma afinitesi üzerindeki olası etkileri tartışılmıştır.
Kullanılan Araçlar ve Teknolojiler
- Veritabanları: NCBI, UniProt
- Yazılımlar: BLAST, EMBOSS, Clustal Omega
- Programlama Dili: Python (veri ön işleme ve görselleştirme için)
Değerlendirme
Bu çalışma, hesaplamalı genomik ve protein analizi alanında temel bir deneyim kazandırmıştır.
Dizi düzeyindeki değişimlerin biyolojik fonksiyonlar üzerindeki etkisini anlamamı sağlarken, biyomedikal araştırmalarda biyoinformatiğin önemini de pekiştirmiştir — özellikle pandemi ölçeğinde yürütülen genom analizleri bağlamında.